Més enllà de les activitats formatives relacionades amb la difusió, el CEM realitza diverses activitats orientades a la formació especialitzada en relació al patrimoni i de manera especial amb el patrimoni arqueològic.

En aquest camp una de les activitats formatives més rellevats és la que es porta a terme dins les campanyes d'excavació programada al jaciment de Santa Margarida, en la qual han participat diversos centenars d'estudiants d'arqueologia procedents de Catalunya, l'Estat espanyol i altres països europeus, amb una especial presència d'estudiants polonesos. Durant diverses setmanes els estudiants participen en els treballs d'excavació i en tot el procés de registre de camp i posteriorment de laboratori.

Mitjançant el conveni de col·laboració signat entre el CEM, l'ajuntament de Martorell i la Universitat de Barcelona, des de 2013 el jaciment arqueològic de Santa Margarida reb cada any un grup d'estudiants del Grau d'Arqueologia que durant diversos dies desenvolupen les vuitanta hores de pràctiques obligades de la titulació. Durant aquest temps l'equip científic del projecte de recerca de Santa Margarida supervisa els treballs que realitzen, alhora que els ofereix formació relacionada amb el desenvolupament del treball de camp (registre arqueològic, topografia, fotografia, inventari i documentació de materials arqueològics, etc.).

El CEM col·labora amb la Universitat Autònoma de Barcelona, també mitjançant un conveni a tres bandes, pel qual anualment els alumnes del Grau d'Arqueologia d'aquesta universitat realitzen diverses pràctiques de dibuix de camp i topografia sota els ensenyaments de l'equip científic del jaciment.