Els orígens de la recerca arqueològica a Santa Margarida es remunten a l'entorn de 1870, quan es van dur a terme uns primers treballs d'excavació, probablement impulsats per Francesc Santacana Campmany, fundador del museu L'Enrajolada de Martorell.

Aquelles excavacions van coincidir amb les darreres obres de condicionament fetes a la que en aquell moment era ja l'ermita de Santa Margarida i solament en tenim indicis per alguns materials conservats al museu i referències indirectes en les primeres cròniques de les visites realitzades pels membres de l'Associació d'Excursions Catalana el 1884.

Santa Margarida en una imatge de 1926 

El 1967, Pau Sendrós Roig, va fer donació a l'ajuntament de Martorell de l'església, la masia i un lot de terres al seu entorn per tal que es restaurés i es portessin a terme treballs de recerca arqueològica. Malgrat això, el 1972 Santa Margarida, casa i església, eren totalment abandonades i a mans del vandalisme i la degradació.

Amb la formació del grup que pocs després impulsarà la creació del Centre d'Estudis Martorellencs s'inicia una nova etapa per a Santa Margarida. Primer amb una activitat centrada en el condicionament bàsic de la casa i l'església, seguida de les primeres investigacions arqueològiques a partir de diversos sondejos. Un segon pas serà la formalització del pla de recerca a partir de 1981, ja en col·laboració amb la Universitat de Barcelona.

Transcorreguts més de quaranta anys des d'aquell primer pas, Santa Margarida és avui un jaciment arqueològic de referència per la seva contribució al coneixement del llarg període cronològic que s'hi troba representat, des del segle IV fins a l'actualitat, alhora que una autèntica escola d'arqueòlegs per on ja han passat diversos centenars d'estudiants participant en les campanyes anuals d'excavació. Des de 2013 forma part dels jaciments de pràctiques per als estudiants del Grau d'Arqueologia de la Universitat de Barcelona i de la Universitat Autònoma de Barcelona, amb les quals hi ha signats convenis de col·laboració.

Lluny d'haver-se exhaurit, a la llum de les prospeccions realitzades, el jaciment mostra un gran potencial com a font de coneixement històric. El 2012 es va dur a terme una ampliació de l'àrea en excavació i actualment s'està desenvolupant el projecte de recerca quadrianual 2014 – 2017, els resultats del qual es poden seguir a través del web específic del projecte.

El finançament del projecte córrer a càrrec del CEM, l'ajuntament de Martorell i la Generalitat de Catalunya.